Problemy ze sprzętem, zaniki zasilania i inne zakłócenia powodują na dysku twardym błędne odwołania w systemie plików, a nawet uszkodzenia całych sektorów. Powoduje to utratę danych, krytyczne błędy systemu lub niemożność uruchomienia niektórych programów. TuneUp Utilities 2012 dba o skuteczną kontrolę dysku twardego i jego prawidłowe działanie. TuneUp Disk Doctor zaznacz wadliwe obszary i naprawia – w miarę możliwości – uszkodzone pliki. Kontroli podlega pięć następujących obszarów dysku twardego:

• Sektory - TuneUp Disk Doctor kontroluje i w razie potrzeby koryguje wszystkie zajęte sektory dysku. Zapobiega to błędom odczytu i zapisu.
• Wolna powierzchnia na dysku – TuneUp Disk Doctor przeszukuje wszystkie wolne sektory pod kątem błędów i usuwa je.
• Struktura plików i katalogów – sprawdzana jest treść plików i struktura folderów.
• Wskaźniki – TuneUp Disk Doctor znajduje błędne odwołania do plików i folderów i tworzy je na nowo.
• Opis bezpieczeństwa – TuneUp Disk Doctor koryguje błędne uprawnienia NTFS, które być może uniemożliwiają dostęp do plików i folderów.